「系統解析について」の版間の差分

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2015年2月9日 (月) 15:15時点における版

系統解析について

系統樹について

進化の過程を推測し，木の形に表したもの．系統樹は，近似的に各生物の系統関係を表したものである．はじめに遺伝子の交流がなくなり（隔離），次に個体群の交流がなくなり，さらに形態が変化して，最後に種が分化する．現在では一般にDNAの塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列などの分子データを用いることが多い．

系統樹構築法

  • 距離行列法 Distance matrix method
    • 平均距離法 UPGMA，Unweighted Pair-Group Method with Arithmetric mean
    • 近隣結合法 Neighbor-Joining method (NJ)
  • 最節約法（最節約法）Maximum Parsimony method (MP)
  • 最尤法 Maximum Likelihood method (ML)

系統樹のもつ意味合い

  • さまざまな研究を行う上での基礎データとなりうる．
  • 化石や種の解釈とは異なり，統計的に客観的な信頼の目安が得られる．
  • データが増えれば着実にモデルがより現実的になり，正しい系統樹に収斂していくことが期待できる．

系統樹を読む上での注意点

  • ランダムな変動を伴うため，限られたデータからいつも正しい系統樹が導かれるとは限らない．
  • 少ない数の遺伝子のデータを用いた場合，あくまでも種の系統樹ではなく，遺伝子の系統樹である．
  • モデルや仮定のため，実際の進化過程の近似であり，多かれ少なかれ必ず現実との間にずれが生じる可能性がある．

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