系統解析について

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系統解析について

系統樹について

進化の過程を推測し,木の形に表したもの.系統樹は,近似的に各生物の系統関係を表したものである.はじめに遺伝子の交流がなくなり(隔離),次に個体群の交流がなくなり,さらに形態が変化して,最後に種が分化する.現在では一般にDNAの塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列などの分子データを用いることが多い.

系統樹構築法

  • 距離行列法 Distance matrix method
    • 平均距離法 UPGMA,Unweighted Pair-Group Method with Arithmetric mean
    • 近隣結合法 Neighbor-Joining method (NJ)
  • 最節約法(最節約法)Maximum Parsimony method (MP)
  • 最尤法 Maximum Likelihood method (ML)

系統樹のもつ意味合い

  • さまざまな研究を行う上での基礎データとなりうる.
  • 化石や種の解釈とは異なり,統計的に客観的な信頼の目安が得られる.
  • データが増えれば着実にモデルがより現実的になり,正しい系統樹に収斂していくことが期待できる.

系統樹を読む上での注意点

  • ランダムな変動を伴うため,限られたデータからいつも正しい系統樹が導かれるとは限らない.
  • 少ない数の遺伝子のデータを用いた場合,あくまでも種の系統樹ではなく,遺伝子の系統樹である.
  • モデルや仮定のため,実際の進化過程の近似であり,多かれ少なかれ必ず現実との間にずれが生じる可能性がある.

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