「MacOSXLionMrBayes-MPI」の版間の差分
提供: 広島大学デジタル博物館
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== プログラムの動作 == | == プログラムの動作 == | ||
| − | *mpirun -np 16 mb foo.nex | + | *mpirun -np 16 mb -i foo.nex |
**動いているかどうかはpsやアクティビティモニタで確認できる | **動いているかどうかはpsやアクティビティモニタで確認できる | ||
| + | *mcmc ngen=1000000 nchains=8 | ||
| + | **計算を続けるかどうかはTracerで*.pファイルを開いて確認する．パラメータの表示がすべて黒になっていれば良い | ||
| + | *sump burnin=xxx（集めた系統樹の数の1/4を削除するのが普通） | ||
| + | *sumt burnin=xxx（同上） | ||
2012年1月6日 (金) 07:21時点における版
Mac OS X Lion上でMrBayes-MPI
用意するもの
- openMPIの動作する環境
- XCodeなどをあらかじめインストール
- gccやautotoolsが入っていれば良い
- finkやMacPortなどでopenMPIをあらかじめインストールしておく
- port search foo
- sudo port install foo
- Beagle-libが入っているとなおベター（とりあえずスキップ）
- XCodeなどをあらかじめインストール
- MrBayes 3.2のソースコード
- ソースコードと一緒にあるCompileInstructions.txtに詳細あり
コンパイル
- autoconf
- ./configure --enable-mpi=yes --with-beagle=no（Beagleを入れていない場合）
- make
プログラムの動作
- mpirun -np 16 mb -i foo.nex
- 動いているかどうかはpsやアクティビティモニタで確認できる
- mcmc ngen=1000000 nchains=8
- 計算を続けるかどうかはTracerで*.pファイルを開いて確認する．パラメータの表示がすべて黒になっていれば良い
- sump burnin=xxx（集めた系統樹の数の1/4を削除するのが普通）
- sumt burnin=xxx（同上）
