「MacOSXLionMrBayes-MPI」の版間の差分

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*openMPIの動作する環境
 
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**XCodeなどをあらかじめインストール
 
**XCodeなどをあらかじめインストール
***gccやautotoolsが入っていれば良い
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***gccやautotoolsが入っていれば良い.autoconf@w.68_2やautomake@1.11.2_0,gcc44@4.4.6_0などが入っている
**finkやMacPortなどでopenMPIをあらかじめインストールしておく
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***先にRを入れると必要なものがほとんど入るので便利
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**finkやMacPortなどでopenMPIをあらかじめインストールしておく.openmpi@1.5.4_0+gcc44で動いている
 
***port search foo
 
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***sudo port install foo
 
***sudo port install foo
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*./configure --enable-mpi=yes --with-beagle=no(Beagleを入れていない場合)
 
*./configure --enable-mpi=yes --with-beagle=no(Beagleを入れていない場合)
 
*make
 
*make
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=== Version 3.2.2 ===
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* Mac上では,上の方法ではエラーになる.CompileInstructions.txtを読んで,対応できる.
  
 
== プログラムの動作 ==
 
== プログラムの動作 ==
*mpirun -np 16 mb foo.nex
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*mpirun -np 16 mb -i foo.nex
 
**動いているかどうかはpsやアクティビティモニタで確認できる
 
**動いているかどうかはpsやアクティビティモニタで確認できる
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**-npの数はchainの倍数である必要があるらしい.エラーで止まる
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*mcmc ngen=1000000 nchains=8(必要に応じてtemp=0.5など)
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**計算を続けるかどうかはTracerで*.pファイルを開いて確認する.パラメータの表示がすべて黒になっていれば良い
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*sump burnin=xxx(集めた系統樹の数の1/4を削除するのが普通)
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**sump relburnin=yes burninfrac=0.25(Version 3.2より利用可能)
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*sumt burnin=xxx(同上)
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[[Category:計算]]
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[[Category:系統]]

2015年2月9日 (月) 15:13時点における最新版

Mac OS X Lion上でMrBayes-MPI

用意するもの

  • openMPIの動作する環境
    • XCodeなどをあらかじめインストール
      • gccやautotoolsが入っていれば良い.autoconf@w.68_2やautomake@1.11.2_0,gcc44@4.4.6_0などが入っている
      • 先にRを入れると必要なものがほとんど入るので便利
    • finkやMacPortなどでopenMPIをあらかじめインストールしておく.openmpi@1.5.4_0+gcc44で動いている
      • port search foo
      • sudo port install foo
    • Beagle-libが入っているとなおベター(とりあえずスキップ)
  • MrBayes 3.2のソースコード
    • ソースコードと一緒にあるCompileInstructions.txtに詳細あり

コンパイル

  • autoconf
  • ./configure --enable-mpi=yes --with-beagle=no(Beagleを入れていない場合)
  • make

Version 3.2.2

  • Mac上では,上の方法ではエラーになる.CompileInstructions.txtを読んで,対応できる.

プログラムの動作

  • mpirun -np 16 mb -i foo.nex
    • 動いているかどうかはpsやアクティビティモニタで確認できる
    • -npの数はchainの倍数である必要があるらしい.エラーで止まる
  • mcmc ngen=1000000 nchains=8(必要に応じてtemp=0.5など)
    • 計算を続けるかどうかはTracerで*.pファイルを開いて確認する.パラメータの表示がすべて黒になっていれば良い
  • sump burnin=xxx(集めた系統樹の数の1/4を削除するのが普通)
    • sump relburnin=yes burninfrac=0.25(Version 3.2より利用可能)
  • sumt burnin=xxx(同上)

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