「MacOSXLionMrBayes-MPI」の版間の差分
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*openMPIの動作する環境 | *openMPIの動作する環境 | ||
**XCodeなどをあらかじめインストール | **XCodeなどをあらかじめインストール | ||
− | *** | + | ***gccやautotoolsが入っていれば良い.autoconf@w.68_2やautomake@1.11.2_0,gcc44@4.4.6_0などが入っている |
− | ** | + | ***先にRを入れると必要なものがほとんど入るので便利 |
+ | **finkやMacPortなどでopenMPIをあらかじめインストールしておく.openmpi@1.5.4_0+gcc44で動いている | ||
***port search foo | ***port search foo | ||
***sudo port install foo | ***sudo port install foo | ||
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*./configure --enable-mpi=yes --with-beagle=no(Beagleを入れていない場合) | *./configure --enable-mpi=yes --with-beagle=no(Beagleを入れていない場合) | ||
*make | *make | ||
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+ | === Version 3.2.2 === | ||
+ | * Mac上では,上の方法ではエラーになる.CompileInstructions.txtを読んで,対応できる. | ||
== プログラムの動作 == | == プログラムの動作 == | ||
− | *mpirun -np 16 mb foo.nex | + | *mpirun -np 16 mb -i foo.nex |
**動いているかどうかはpsやアクティビティモニタで確認できる | **動いているかどうかはpsやアクティビティモニタで確認できる | ||
+ | **-npの数はchainの倍数である必要があるらしい.エラーで止まる | ||
+ | *mcmc ngen=1000000 nchains=8(必要に応じてtemp=0.5など) | ||
+ | **計算を続けるかどうかはTracerで*.pファイルを開いて確認する.パラメータの表示がすべて黒になっていれば良い | ||
+ | *sump burnin=xxx(集めた系統樹の数の1/4を削除するのが普通) | ||
+ | **sump relburnin=yes burninfrac=0.25(Version 3.2より利用可能) | ||
+ | *sumt burnin=xxx(同上) | ||
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+ | [http://www.digital-museum.hiroshima-u.ac.jp/~museum/ デジタル自然史博物館] / [http://www.hiroshima-u.ac.jp/index-j.html 広島大学] / [http://www.digital-museum.hiroshima-u.ac.jp/~museum/plant/ 植物] にもどる | ||
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+ | [[Category:計算]] | ||
+ | [[Category:系統]] |
2015年2月9日 (月) 15:13時点における最新版
Mac OS X Lion上でMrBayes-MPI
用意するもの
- openMPIの動作する環境
- XCodeなどをあらかじめインストール
- gccやautotoolsが入っていれば良い.autoconf@w.68_2やautomake@1.11.2_0,gcc44@4.4.6_0などが入っている
- 先にRを入れると必要なものがほとんど入るので便利
- finkやMacPortなどでopenMPIをあらかじめインストールしておく.openmpi@1.5.4_0+gcc44で動いている
- port search foo
- sudo port install foo
- Beagle-libが入っているとなおベター(とりあえずスキップ)
- XCodeなどをあらかじめインストール
- MrBayes 3.2のソースコード
- ソースコードと一緒にあるCompileInstructions.txtに詳細あり
コンパイル
- autoconf
- ./configure --enable-mpi=yes --with-beagle=no(Beagleを入れていない場合)
- make
Version 3.2.2
- Mac上では,上の方法ではエラーになる.CompileInstructions.txtを読んで,対応できる.
プログラムの動作
- mpirun -np 16 mb -i foo.nex
- 動いているかどうかはpsやアクティビティモニタで確認できる
- -npの数はchainの倍数である必要があるらしい.エラーで止まる
- mcmc ngen=1000000 nchains=8(必要に応じてtemp=0.5など)
- 計算を続けるかどうかはTracerで*.pファイルを開いて確認する.パラメータの表示がすべて黒になっていれば良い
- sump burnin=xxx(集めた系統樹の数の1/4を削除するのが普通)
- sump relburnin=yes burninfrac=0.25(Version 3.2より利用可能)
- sumt burnin=xxx(同上)
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