「MacOSXLionMrBayes-MPI」の版間の差分
提供: 広島大学デジタル博物館
ナビゲーションに移動検索に移動 (→用意するもの) |
|||
(同じ利用者による、間の6版が非表示) | |||
5行目: | 5行目: | ||
***gccやautotoolsが入っていれば良い.autoconf@w.68_2やautomake@1.11.2_0,gcc44@4.4.6_0などが入っている | ***gccやautotoolsが入っていれば良い.autoconf@w.68_2やautomake@1.11.2_0,gcc44@4.4.6_0などが入っている | ||
***先にRを入れると必要なものがほとんど入るので便利 | ***先にRを入れると必要なものがほとんど入るので便利 | ||
− | ** | + | **finkやMacPortなどでopenMPIをあらかじめインストールしておく.openmpi@1.5.4_0+gcc44で動いている |
***port search foo | ***port search foo | ||
***sudo port install foo | ***sudo port install foo | ||
16行目: | 16行目: | ||
*./configure --enable-mpi=yes --with-beagle=no(Beagleを入れていない場合) | *./configure --enable-mpi=yes --with-beagle=no(Beagleを入れていない場合) | ||
*make | *make | ||
+ | |||
+ | === Version 3.2.2 === | ||
+ | * Mac上では,上の方法ではエラーになる.CompileInstructions.txtを読んで,対応できる. | ||
== プログラムの動作 == | == プログラムの動作 == | ||
24行目: | 27行目: | ||
**計算を続けるかどうかはTracerで*.pファイルを開いて確認する.パラメータの表示がすべて黒になっていれば良い | **計算を続けるかどうかはTracerで*.pファイルを開いて確認する.パラメータの表示がすべて黒になっていれば良い | ||
*sump burnin=xxx(集めた系統樹の数の1/4を削除するのが普通) | *sump burnin=xxx(集めた系統樹の数の1/4を削除するのが普通) | ||
+ | **sump relburnin=yes burninfrac=0.25(Version 3.2より利用可能) | ||
*sumt burnin=xxx(同上) | *sumt burnin=xxx(同上) | ||
+ | |||
+ | ---- | ||
+ | [http://www.digital-museum.hiroshima-u.ac.jp/~museum/ デジタル自然史博物館] / [http://www.hiroshima-u.ac.jp/index-j.html 広島大学] / [http://www.digital-museum.hiroshima-u.ac.jp/~museum/plant/ 植物] にもどる | ||
+ | |||
+ | [[Category:計算]] | ||
+ | [[Category:系統]] |
2015年2月9日 (月) 15:13時点における最新版
Mac OS X Lion上でMrBayes-MPI
用意するもの
- openMPIの動作する環境
- XCodeなどをあらかじめインストール
- gccやautotoolsが入っていれば良い.autoconf@w.68_2やautomake@1.11.2_0,gcc44@4.4.6_0などが入っている
- 先にRを入れると必要なものがほとんど入るので便利
- finkやMacPortなどでopenMPIをあらかじめインストールしておく.openmpi@1.5.4_0+gcc44で動いている
- port search foo
- sudo port install foo
- Beagle-libが入っているとなおベター(とりあえずスキップ)
- XCodeなどをあらかじめインストール
- MrBayes 3.2のソースコード
- ソースコードと一緒にあるCompileInstructions.txtに詳細あり
コンパイル
- autoconf
- ./configure --enable-mpi=yes --with-beagle=no(Beagleを入れていない場合)
- make
Version 3.2.2
- Mac上では,上の方法ではエラーになる.CompileInstructions.txtを読んで,対応できる.
プログラムの動作
- mpirun -np 16 mb -i foo.nex
- 動いているかどうかはpsやアクティビティモニタで確認できる
- -npの数はchainの倍数である必要があるらしい.エラーで止まる
- mcmc ngen=1000000 nchains=8(必要に応じてtemp=0.5など)
- 計算を続けるかどうかはTracerで*.pファイルを開いて確認する.パラメータの表示がすべて黒になっていれば良い
- sump burnin=xxx(集めた系統樹の数の1/4を削除するのが普通)
- sump relburnin=yes burninfrac=0.25(Version 3.2より利用可能)
- sumt burnin=xxx(同上)
デジタル自然史博物館 / 広島大学 / 植物 にもどる