「MacOSXLionMrBayes-MPI」の版間の差分
提供: 広島大学デジタル博物館
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2015年2月9日 (月) 15:13時点における最新版
Mac OS X Lion上でMrBayes-MPI
用意するもの
- openMPIの動作する環境
- XCodeなどをあらかじめインストール
- gccやautotoolsが入っていれば良い．autoconf@w.68_2やautomake@1.11.2_0，gcc44@4.4.6_0などが入っている
- 先にRを入れると必要なものがほとんど入るので便利
- finkやMacPortなどでopenMPIをあらかじめインストールしておく．openmpi@1.5.4_0+gcc44で動いている
- port search foo
- sudo port install foo
- Beagle-libが入っているとなおベター（とりあえずスキップ）
- XCodeなどをあらかじめインストール
- MrBayes 3.2のソースコード
- ソースコードと一緒にあるCompileInstructions.txtに詳細あり
コンパイル
- autoconf
- ./configure --enable-mpi=yes --with-beagle=no（Beagleを入れていない場合）
- make
Version 3.2.2
- Mac上では，上の方法ではエラーになる．CompileInstructions.txtを読んで，対応できる．
プログラムの動作
- mpirun -np 16 mb -i foo.nex
- 動いているかどうかはpsやアクティビティモニタで確認できる
- -npの数はchainの倍数である必要があるらしい．エラーで止まる
- mcmc ngen=1000000 nchains=8（必要に応じてtemp=0.5など）
- 計算を続けるかどうかはTracerで*.pファイルを開いて確認する．パラメータの表示がすべて黒になっていれば良い
- sump burnin=xxx（集めた系統樹の数の1/4を削除するのが普通）
- sump relburnin=yes burninfrac=0.25（Version 3.2より利用可能）
- sumt burnin=xxx（同上）
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