MacOSXLionMrBayes-MPI

提供: 広島大学デジタル博物館
2012年1月6日 (金) 07:29時点におけるChubo (トーク | 投稿記録)による版 (→‎用意するもの)
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Mac OS X Lion上でMrBayes-MPI

用意するもの

  • openMPIの動作する環境
    • XCodeなどをあらかじめインストール
      • gccやautotoolsが入っていれば良い.autoconf@w.68_2やautomake@1.11.2_0,gcc44@4.4.6_0などが入っている
      • Rを入れると必要なものがほとんど入るので便利
    • finkやMacPortなどでopenMPIをあらかじめインストールしておく
      • port search foo
      • sudo port install foo
    • Beagle-libが入っているとなおベター(とりあえずスキップ)
  • MrBayes 3.2のソースコード
    • ソースコードと一緒にあるCompileInstructions.txtに詳細あり

コンパイル

  • autoconf
  • ./configure --enable-mpi=yes --with-beagle=no(Beagleを入れていない場合)
  • make

プログラムの動作

  • mpirun -np 16 mb -i foo.nex
    • 動いているかどうかはpsやアクティビティモニタで確認できる
    • -npの数はchainの倍数である必要があるらしい.エラーで止まる
  • mcmc ngen=1000000 nchains=8(必要に応じてtemp=0.5など)
    • 計算を続けるかどうかはTracerで*.pファイルを開いて確認する.パラメータの表示がすべて黒になっていれば良い
  • sump burnin=xxx(集めた系統樹の数の1/4を削除するのが普通)
  • sumt burnin=xxx(同上)