MacOSXLionMrBayes-MPI
提供: 広島大学デジタル博物館
ナビゲーションに移動検索に移動Mac OS X Lion上でMrBayes-MPI
用意するもの
- openMPIの動作する環境
- XCodeなどをあらかじめインストール
- gccやautotoolsが入っていれば良い.autoconf@w.68_2やautomake@1.11.2_0,gcc44@4.4.6_0などが入っている
- Rを入れると必要なものがほとんど入るので便利
- finkやMacPortなどでopenMPIをあらかじめインストールしておく
- port search foo
- sudo port install foo
- Beagle-libが入っているとなおベター(とりあえずスキップ)
- XCodeなどをあらかじめインストール
- MrBayes 3.2のソースコード
- ソースコードと一緒にあるCompileInstructions.txtに詳細あり
コンパイル
- autoconf
- ./configure --enable-mpi=yes --with-beagle=no(Beagleを入れていない場合)
- make
プログラムの動作
- mpirun -np 16 mb -i foo.nex
- 動いているかどうかはpsやアクティビティモニタで確認できる
- -npの数はchainの倍数である必要があるらしい.エラーで止まる
- mcmc ngen=1000000 nchains=8(必要に応じてtemp=0.5など)
- 計算を続けるかどうかはTracerで*.pファイルを開いて確認する.パラメータの表示がすべて黒になっていれば良い
- sump burnin=xxx(集めた系統樹の数の1/4を削除するのが普通)
- sumt burnin=xxx(同上)